Наряду с праздниками, открытыми для всех граждан полиса, были и закрытые, участники которых знакомились с тайным знанием и совершали обряды, доступные лишь посвященным. Такие праздники назывались мистериями, а люди, допущенные к участию в них, — мистсти. Наиболее известны мистерии, происходившие под Афинами, в Элевсине, и на острове Самофракия.
Элевсинские мистерии, отмечавшиеся каждые два года, начинались с того, что ночью мисты, возглавляемые жрецами, в масках и с факелами в руках отправлялись к сооружению, сложенному из пригнанных друг к другу каменных плит. Общими усилиями одну из этих плит отодвигали и из ниши в нижнем камне доставали свиток, содержавший правила проведения мистерий. Эти правила громко зачитывали и вновь прятали в каменное хранилище, после чего процессия направлялась в храм, бывший центром культа Деметры и её дочери Персефоны. Судьба именно этой богини давала участникам мистерий надежду на возвращение к жизни после смерти.
В храме посвященные приобщались к жгучей тайне потустороннего существования. Пока они проходили из одной части святилища в другую, по сторонам временами вспыхивал яркий свет, выхватывавший из мрака тени или фигуры чудовищ подземного мира. Одновременно раздавались собачий лай, скрежет, вопли, стоны и другие «звуки смерти», усиленные специальными приспособлениями. После всех этих ужасов перед мистами открывались помещения, полные света. Здесь под успокаивающие звуки флейт мисты, взявшись за руки, исполняли ритуальный танец ликования и возвращения к жизни. Элевсинский обряд мыслился как подготовка к переходу из одного мира в другой, как наглядный урок преодоления загробных мук и приобщения к бессмертию.
Видимо, не менее древними, чем элевсинские, были мистерии островов Лемнос, Имброс и Самофракия в честь богов-спасителей (кабиров) пеласгийского или фракийского происхождения. Кабиры, спасавшие людей от бурь и иных бедствий, были в то же время громовыми божествами, карающими за прегрешения и проступки. Клятва кабирами считалась самой страшной как у эллинов, так и у римлян, к которым культ кабиров перешёл от этрусков.
Вместе с кабирами на Самофракии почиталась малоазийская богиня-мать Кибела, а также её сыновья (Зевс, Дионис, Гермес, Плутон) и дочери (Деметра, Афродита, Артемида, Персефона). Жрецы, ведавшие культом Кибелы, встречали причаливающие к острову корабли и препровождали в храм всех, кто желал приобщиться к таинствам кабиров. Эти жрецы принимали исповеди грешников, очищали их от грехов, после чего вводили в тайны культа своих богов. Посвященный получал железное кольцо, которое должен был носить в течение всей жизни.
По мнению современных учёных, происхождение мистерий коренится в инициациях, древнейших обрядах перехода из одной возрастной группы в другую. В придании же мистериям описанного характера велика роль восточных религий, с которыми эллины познакомились, посещая Египет, Месопотамию и Финикию. Распространение мистерий связано, с одной стороны, с именами легендарных персонажей (Гермес, Орфей), а с другой — с вполне реальными людьми, например с Пифагором, использовавшим принципы мистерий для обучения избранной молодёжи наукам.